W rozporządzeniu ustanawiającym EEA i EIONET przewiduje się aktywną współpracę międzynarodową wokół głównych obszarów działalności EEA. Zadania EEA obejmują promowanie włączenia europejskich informacji dotyczących środowiska do międzynarodowych programów monitorowania środowiska, współpracę z regionalnymi i międzynarodowymi organami i programami, takimi jak Organizacja Współpracy Gospodarczej i Rozwoju (OECD) oraz Program Narodów Zjednoczonych ds. Ochrony Środowiska (UNEP), a także współpracę z instytucjami z państw niebędących członkami UE.

Międzynarodowe zaangażowanie EEA można podzielić na cztery dziedziny:

1. Współpraca międzynarodowa i EIONET
2. Relacje regionalne w sąsiedztwie UE
3. Relacje z organizacjami międzynarodowymi, organami ONZ i światowymi konwencjami
4. Relacje z państwami i regionami spoza Europy

1. Współpraca międzynarodowa i EIONET

Podczas gdy EIONET skupia się na państwach członkowskich EEA, w samym rozporządzeniu w sprawie EEA zapewniono przyszłościowo współpracę z „... tymi instytucjami w państwach niebędących członkami Wspólnot Europejskich, które mogą dostarczyć dane, informacje i fachową wiedzę …”. Ten przepis umożliwił państwom niebędącym członkami UE uczestnictwo w działalności EIONET, a następnie dołączenie do EEA w charakterze członków.

EIONET ściśle obejmuje jedynie państwa członkowskie EEA. W praktyce działania EIONET obejmują jednak ugruntowaną współpracę z państwami Bałkanów Zachodnich (państwami współpracującymi z EEA).

2. Relacje regionalne w sąsiedztwie UE

EEA ma długą historię współpracy tematycznej i międzysektorowej, także poza obrębem państw należących do EIONET. W szczególności EEA współpracuje z różnymi regionalnymi procesami i organami, które obejmują obszary geograficzne o bliskich lub transgranicznych powiązaniach geograficznych lub politycznych z UE, oraz w przypadkach gdzie istnieją dobrze określone polityki UE.

Prace finansowane przez EEA w regionalnym kontekście europejskim skupiają się głównie na wspieraniu działań z zakresu informacji i ocen środowiskowych w ramach różnych konwencji i innych procesów. W zależności od potrzeb wkład EEA obejmuje zakres od wymiany danych i informacji po udział w ocenach, a także sprzyjanie tworzeniu sieci kontaktów i partnerstw informacyjnych.

W latach 2010–2015 EEA otrzymała dodatkowe finansowanie ze środków UE na wsparcie wdrażania zasad i dobrych praktyk wspólnego systemu informacji o środowisku (SEIS) w krajach objętych europejską polityką sąsiedztwa (EPS), w tym:

• krajach Partnerstwa Wschodniego: Armenii, Azerbejdżanie, Białorusi, Gruzji, Republice Mołdawii, Ukrainie
• krajach partnerskich w południowym regionie Morza Śródziemnego: Algierii, Egipcie, Izraelu, Jordanii, Libanie, Libii, Maroku, Palestynie, Tunezji

Współpraca ta była kontynuowana przy dodatkowym wsparciu w ramach dwóch nowych projektów, które rozpoczęto w dniu 1 lutego 2016 r. Projekty te zajmują się krajami objętymi europejską polityką sąsiedztwa w regionach wschodnim i południowym w ramach Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa (ENI) finansowanego przez Komisję Europejską (DG NEAR). Są to następujące projekty:

• wdrażanie zasad i praktyk wspólnego systemu informacji o środowisku w krajach Partnerstwa Wschodniego (projekt ENI SEIS II East)
• wdrażanie zasad i praktyk wspólnego systemu informacji o środowisku (SEIS) w regionie południowym EPS (mechanizm wsparcia SEIS), wdrażanych w partnerstwie z planem działania dla regionu Morza Śródziemnego Programu Narodów Zjednoczonych ds. Ochrony Środowiska (UNEP/MAP)

Konkretne działania są oparte na rezultatach osiągniętych w ramach działań poprzednich projektów i mają na celu wsparcie regularnego tworzenia wskaźników i ocen środowiskowych przyczyniających się do kształtowania polityki opartej na wiedzy i dobrego zarządzania w dziedzinie środowiska. Choć celem nadrzędnym jest utrzymanie regionalnej perspektywy i spójności, działania będą miały również na celu wsparcie i pomoc techniczną dla poszczególnych państw w określonych krajowych obszarach priorytetowych.

EEA współpracuje również z Radą Arktyczną i jej grupami roboczymi. EEA ma trojakie cele w tym zakresie: 1) ocena europejskich kwestii arktycznych, uznając, że Arktyka jest częścią UE, i że pięciu z ośmiu członków Rady Arktycznej jest członkami EEA; 2) pomoc państwom arktycznym UE i EEA w procesach oceny Arktyki; oraz 3) wpływanie na okołobiegunowe procesy arktyczne poprzez promowanie podejść EEA/EIONET i zasad SEIS, w tym w procesie Sieci Stałej Obserwacji Arktyki (SAON).

3. Relacje z organizacjami międzynarodowymi

EEA ma długą tradycję współpracy z organizacjami międzynarodowymi i organami ONZ, w szczególności tymi zajmującymi się ochroną środowiska i związanymi z nią aspektami, takimi jak Program Narodów Zjednoczonych ds. Ochrony Środowiska na poziomie światowym i Europejska Komisja Gospodarcza ONZ na poziomie paneuropejskim. Relacje te obejmują zarówno obszary tematyczne (np. zmiana klimatu i różnorodność biologiczna), jak i współpracę międzysektorową. W kontekście tematycznym EEA zapewnia dane i wiedzę fachową w celu wsparcia państw członkowskich UE i EEA oraz krajów współpracujących w ich uczestnictwie w międzynarodowych konwencjach oraz w nowo powołanych platformach oceny globalnej ONZ. W swoich pracach międzysektorowych EEA koncentruje się na wymianie wiedzy i promowaniu zasad SEIS, tak aby sprzyjać zacieśnianiu powiązań między wiedzą a polityką.

W działaniach tematycznych i międzysektorowych EEA działa jako bezpośredni partner wspomnianych organów, zapewniając wiedzę fachową na potrzeby bieżących procesów, a także wspierając państwa członkowskie UE i EEA oraz kraje współpracujące w wypełnianiu ich obowiązków sprawozdawczych, sporządzając oceny i  (współ)tworząc stanowiska UE. Prace wspierające państwa członkowskie UE i EEA oraz kraje współpracujące prowadzone są wokół głównych procesów politycznych. Jednym z takich przykładów jest Ramowa Konwencja Narodów Zjednoczonych w Sprawie Zmian Klimatu (UNFCCC), w przypadku której EEA odgrywa aktywną rolę we wspieraniu monitorowania, raportowania i weryfikacji (MRV) emisji gazów cieplarnianych.

Po przyjęciu Agendy na Rzecz Zrównoważonego Rozwoju 2030, w tym Celów Zrównoważonego Rozwoju, ramy monitorowania i przeglądu Agendy 2030 powinny być skonkretyzowane na szczeblu krajowym, regionalnym i światowym. EEA będzie odgrywała szczególną rolę na szczeblu regionalnym, uczestnicząc w pracach w zakresie monitorowania i przeglądu. Prace będą prowadzone w ścisłej współpracy z Komisją Europejską i państwami członkowskimi UE.

Podejmowane są również bieżące działania w zakresie Globalnej Sieci Systemów Obserwacji Ziemi prowadzonej przez Grupę ds. Obserwacji Ziemi oraz w zakresie inicjatywy ONZ dotyczącej Globalnego Zarządzania Informacją Geoprzestrzenną.

4. Relacje z państwami i regionami spoza Europy

EEA dzieli się swoim doświadczeniem, wiedzą i rozwiązaniami z różnymi organami krajowymi i regionalnymi spoza Europy. Od blisko 20 lat trwa stały dialog z Agencją Ochrony Środowiska z USA, a od ponad 15 lat trwa wymiana informacji z krajami Azji Centralnej. Ponadto EEA utrzymuje kontakty i prowadzi wymianę informacji z instytucjami i organami, na przykład, w Australii, Kanadzie, Chinach, Indiach i Korei Południowej, a także na szczeblu regionalnym z organami z Afryki, Azji i Ameryki Południowej.